منگول حملہ
1258 میں، ہلاگو نے بغداد کا محاصرہ ک
رنے کے لیے اپنی فوج کی قیادت کی اور عباسی خاندان کے آخری خلیفہ مستسیم کو قتل کر دیا، اور
مصر کی مملوک سلطنت، جو ایک سنی سلطنت بھی تھی، نے منگولوں کو مزید فتح سے روک دیا۔ اس وقت مختلف اسلامی ممالک نے اپنے اپنے دھڑوں پر زور نہیں دیا تھا ان مسلمانوں کو جنہوں نے علی کا درجہ بلند کیا تھا ان کا خیال تھا کہ یہ "سنیوں اور شیعوں کے درمیان بقائے باہمی" کا دور تھا۔ الخانیت نے غزن کے تحت سنی عقائد کو اپنایا، اور اگرچہ بعد میں ونجا
تول نے شیعہ اسلام قبول کیا اور سنیوں کو ستایا، لیکن اس کا جانشین، بسین، سنی اسلام میں واپس آیا۔ منگولوں کی طرف سے خطرے کا سامنا کرتے ہوئے،
مصری ماہر الہیات ابن تیمیہ نے اسلامی اقدار کو برقرار رکھنے اور سنی نظریے پر عمل ک
رنے کی اہمیت پر زور دیا کہ مسلمانوں کو حکمرانوں کی ضر?
?رت ہے۔
بعد میں آنے والی تیموری سلطنت نے بھی سنی اسلام کی پیروی کی، لیکن تیمور شیعہ اسلام کا زیادہ روادار تھا، اور تصوف مقبول ہوا، اور اس کے فلسفے اور رسوم و رواج نے مختلف نسلی گروہوں کو متحد ک
رنے میں مدد کی۔ اس کے جانشین شاہ رخ نے تیمور کی موت سے پیدا ہونے والے افراتفری کو صاف ک
رنے کے لیے سنی اسلام کو زندہ ک
رنے کی پالیسی پر عمل کیا۔ ان کی پالیسیوں نے نبی صلی اللہ علیہ وسلم کے قول و فعل کی تعمیل پر زور دیا، حنفی ضابطہ کو فروغ دیا، تصوف کے اثرات کو دبایا، اور قانون، تفسیر اور حدیث کی تعلیم دینے اور آرتھوڈوکس عقائد کو فروغ دینے کے لیے 11ویں صدی کے طرز کے اسلامی اسکول بنائے۔
13 ویں اور 15 ویں صدی کے درمیان، ملائی جزیرے میں سنی اسلام میں بڑی تبدیلی ہوئی۔ سمندری تجارت میں
مصروف مسلمان تاجر بظاہر وہ ذریعہ تھے جس کے ذریعے وہ سب سے پہلے سنی اسلام کے ساتھ رابطے میں آئے اور منگول حکمرانی کے تحت یوآن خاندان کے اختتام پر چین میں افراتفری کی صورتحال نے بھی سنی اسلام کو جنوب مشرقی ایشیا میں پھیلانے میں مدد کی۔ 1357 میں، کوانزو میں تعینات مسلم گیریژن نے بغاوت کر دی، جسے تاریخ میں یسیباشی بغاوت کے نام سے جانا جاتا ہے۔ یوآن خاندان کے جرنیلوں نے بغاوت کو دبانے کے دوران سنی مسلمانوں کی ایک بڑی تعداد کا قتل عام کیا، جس کی وجہ سے سنی تاجر قریبی تجارتی بندرگاہوں جیسے چمپا، جاوا، سماٹرا، برونائی اور منیلا بے کی طرف بھاگ گئے۔ مزید برآں، مغربی ایشیا پر منگول حملے کے بعد، اسلام متعصب ہو گیا اور تصوف کی طرف متوجہ ہوا۔ متعدد سنی صوفی احکا?
?ات کے تحت، باطنی اسلام کی اس شاخ نے جنوب مشرقی ایشیا میں پیروکاروں کی ایک بڑی تعداد حاصل کی ہے۔